肛门脓肿可以使用以下一些药物治疗：
第一，抗生素。是最主要的治疗药物，因为肛门脓肿是肛门局部出现了化脓性的感染，所以首选通过抗生素控制局部的感染。大多肛门脓肿为混合性感染，临床上以广谱抗生素为主，严重的需要联合使用抗生素。
第二，局部使用药物。局部可以外用鱼石脂软膏拔脓治疗，促使局部脓肿破溃而缓解症状。也可以外敷金黄散或者外用其他消肿止痛的软膏、洗剂等药物，缓解局部的肿痛症状。
第三，止痛药物。由于肛门脓肿会导致肛门剧烈的疼痛症状，必要时可以口服止痛药物缓解疼痛。