打宫颈癌疫苗也是有一定的副作用发生。虽然副作用的发生几率并不高，但有的女性在打完宫颈癌疫苗之后，可以出现类似感冒样的症状。可以表现为周身无力、肌肉酸痛的现象。而这些症状一般在打完宫颈癌疫苗之后的24到48小时可以逐渐地好转。
少数人在打完宫颈疫苗之后，可能会出现过敏反应。严重的急性过敏反应可以伴有血压下降，甚至是有休克的表现，需要紧急的抢救处理。
有的病人表现为慢性的过敏反应，周身可以出现皮疹和瘙痒的情况。还有的病人在打完宫颈癌疫苗之后，注射部位可能有红肿、硬结和瘙痒的情况。