卵巢囊肿手术以后是否会影响生育，要看卵巢囊肿的性质，以及手术中在剥除卵巢囊肿的时候对于卵巢组织的损伤程度。
大多数的卵巢囊肿对于生育是没有影响的，其中包括常见的生理性的卵巢囊肿或者是浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤，在手术中发生了囊肿的剥除手术，这样是不会影响生育功能的。
但是女性如果患有卵巢的子宫内膜异位囊肿，也就是所说的巧克力囊肿。由于囊内的液体对于卵巢是有侵袭作用的，所以，往往是影响卵巢功能的。尤其在手术中进行了囊肿的剥除，破坏了卵巢组织。同时由于电烧、电凝等同时也会对于卵巢组织和卵巢功能有所破坏，因此会影响女性的生育功能。