副伤寒甲起病缓慢，但骤起者亦不少见，开始时可先有急性胃肠炎症状如腹痛，呕吐，腹泻等，约2至3天后症状减轻，继而体温升高，发热常于3至4天内达高峰，波动较大，稽留热型少见，热程较短，毒血症状较轻，但肠道症状则较显著，可出现相对缓脉与肝，脾肿大，与伤寒相同，皮疹常较早出现，可遍布全身且较伤寒皮疹稍大而色较深，但有时呈丘疹样，复发与再燃在副伤寒甲，乙均较常见，尤以副伤寒甲为多，肠出血，肠穿孔均较少见，病死率较低。副伤寒丙临床症状复杂，常见有伤寒型，急性胃肠炎型，脓毒血症型3种类型。