小儿尿道下裂可手术方式矫形治疗，是确切的治疗手段。无特效药物可达到重建排尿通道、改善外观畸形，以及恢复正常排尿的效果。术后可促使性发育成熟后性功能正常发挥，也有利于精液射入阴道，避免尿道下裂导致男性不育。
小儿尿道下裂的手术时间，最好安排在上学前5~7岁年龄段。由于该年龄段治疗可避免手术对小儿精神、心理的影响，并且该年龄段孩子生长发育较快，术后恢复以及矫形效果相对较好。
未手术的情况下小儿尿道下裂需要做好卫生护理，降低泌尿道感染性疾病的发生概率。