宝宝脑积水的治疗方法主要有临床观察、药物治疗以及外科手术治疗三种。一部分宝宝脑积水不是很严重，宝宝没有明显的临床症状，并且宝宝生长发育也是正常的，这个时候可以密切的观察，定期的复查。
少量的轻微的脑积水，也可以服用药物，比如抑制脑脊液分泌的药物，但是效果不理想，患者只能够得到短期的控制。
目前手术治疗仍然是宝宝脑积水的首选治疗方法，通常有脑室腹腔分流手术以及三脑室造瘘手术，部分患者还可以采取脉络丛烧灼手术。