半夜咳嗽可能与咳嗽变异性哮喘有关，可以睡前嚼服孟鲁司特钠咀嚼片，对于夜间咳嗽能起到一定的预防作用，而且该药物有着比较小的副作用。也可以雾化吸入糖皮质激素以及支气管扩张剂，常用到的药物主要有布地奈德以及特布他林。
呼吸系统感染也有可能引起半夜咳嗽，同时还有可能会伴随咽痛、鼻塞、咳痰等症状。可以适当喝一些氨溴特罗口服溶液、复方鲜竹沥液，能够起到一定的止咳化痰功效。其次，也可以在口中含服甘草片，止咳效果也是比较好。
半夜咳嗽也不排除与胃食管反流有关，可以服用莫沙必利、奥美拉唑进行治疗。