直肠阴道瘘想要彻底治愈，还是需要手术治疗的。保守治疗仅对粪瘘形成早期，炎症及水肿未消退；或已经行手术治疗，但未愈合，疤痕未软化者；或合并有其它严重疾病的患者有一定效果。
如果患儿阴道瘘小，粪便排出通畅，可先行保守治疗，待3~5岁时再行手术。手术方式和手术时机应充分考虑各方面的情况，对于因分娩造成的裂伤以及新鲜手术导致的，应尽早行修补术。
如果瘘孔较大，位置高，炎症不容易控制或放疗导致的，考虑先行结肠造瘘，待周围炎症消退，组织恢复后再考虑行手术修补比较好。