长期大量饮用减肥咖啡会增加脂肪及甘油三酯的含量，从而增加了心脏的负担，若再加上过度劳累，就可能会引起心脏病。长期喝减肥咖啡会增加胰岛素的排泄，而使血糖上升，发生糖尿病。
长期大量饮用减肥咖啡会引发膀胱癌等肿瘤性疾病的发生。减肥咖啡会降低人体的骨密度，这是因为长期饮用减肥咖啡会时人体内的钙流失，从而导致骨质疏松的发生。长期饮用减肥咖啡会引起消化道疾患，诱发胃炎、胃溃疡，发生厌食、挑食的习惯。饮用减肥咖啡会导致内分泌系统的失调，产生失眠的症状。