枯草杆菌二联活菌颗粒主要功效为促进肠道内正常菌群的生长繁殖，对肠道内致病菌的生长有抑制作用。以此起到调节人体肠道环境，保护肠道的作用。
本药物适用于调节和改善消化不良、营养不良、食欲不振、肠道菌群紊乱所引起的腹胀、腹泻、便秘等症状。还有使用抗生素而导致的肠黏膜损伤，也可使用本药物改善症状和修复肠黏膜。
服用本品需要注意由于其为活菌制剂，所以冲调时的水温不能超过40℃。并且本药物不可以放置于阳光直射或高温处，以免使其性状改变，破坏药效。