胎儿先天畸形的问题，偶尔有的是和营养不良和微量元素缺乏有关，比如缺锌，但是这个几率太小了。
有一部分的胎儿先天畸形的问题，是由染色体问题而导致的，比如它是由染色体突变的问题存在，或者是夫妻双方的染色体问题等。
也有的胎儿先天畸形的问题，是因为孕前和怀孕早期接触了不良物质有关，比如接触了过量的辐射，或者是有的是没有遵医嘱，而用了导致胎儿畸形的药物，或者是接触了其它的各种有毒有害的化学品等，或者女性在怀孕后有吸毒等习惯时，也都是有可能会导致胎儿畸形的发生。