宝宝一睡醒就咳嗽，若同时伴随流清涕、鼻塞，可能与过敏性鼻炎有关。此时可能会导致鼻后滴漏综合征，由于在平躺的状态时，鼻腔当中的分泌物会倒流至咽部黏膜，进而引起刺激性咳嗽。
另外，如果宝宝在睡觉的过程中，吸入室内过于干燥的空气，也有可能会导致呛咳。另外，这种情况也有可能是气道高反应性所致。
如果被细菌、病毒等病原微生物侵入体内之后，引起呼吸道黏膜水肿、充血，从而诱发肺炎、支气管炎，也有可能会使呼吸道分泌物增多，所以睡醒后会通过咳嗽清除呼吸道黏膜的分泌物。