龟头感染真菌临床上主要是使用抗真菌的药物进行治疗，可以选择局部用药，以及全身用药。
1.局部用药。如果感染比较轻，临床上主要是以外用药物治疗为主，可以使用抗真菌药膏硝酸咪康唑乳膏或者是克霉唑乳膏局部涂抹。
2.全身用药。如果感染的情况比较严重，或者是出现反复发作的情况时，需要全身用药治疗，临床上可以通过口服氟康唑等抗真菌的药物治疗。
龟头感染真菌在治疗期间，应该注意避免同房过性生活，因为龟头感染真菌之后，同房容易出现交叉感染。