先天性巨结肠患儿的后遗症主要有以下几个方面：
第一，先天性巨结肠的患儿由于肠道不能蠕动，所以，大便堆积在结肠内无法排除，导致患儿出现肠梗阻，肛门停止排气、排便，出现明显的腹胀，晚期会出现恶心、呕吐的表现。同时营养不能摄入，患者出现明显的发育延迟、消瘦和营养不良的情况。
第二，严重的大便堆积引起的肠梗阻会导致结肠的肠壁明显扩张、变薄，进而导致肠壁缺血，在某些薄弱部位会出现穿孔等严重并发症。
第三，合并细菌感染后出现小肠结肠炎，是本病常见的后遗症，引起患儿腹胀、高热、恶心、呕吐，会导致患儿脱水，甚至死亡。