肝癌的肿瘤标志物临床常用的是甲胎蛋白、甲胎蛋白异质体以及异常凝血酶原。但是该血液检查是个筛查手段，可以用于患病前及患病后，提示肝脏是否有肿瘤，并不是所有的肝癌患者甲胎蛋白值都会升高。有研究显示，约有30%的肝癌患者甲胎蛋白不会明显升高。
需要注意，肿瘤标志物的数值升高并不意味着患有癌症，因为急慢性肝炎、肝硬化患者行该检查，数值也会提示升高。临床诊断不能只依靠单个检查，血液检查也会受其他因素影响，如药物、采集手段等。
当肿瘤标志物的数值升高时，需要完善肝功能、腹部超声，必要时可以采取活检，同时需要结合患者临床症状才能下结论。