引起肾小球肾炎的主要原因是自身免疫性疾病，当外界的致病微生物、毒素等侵犯人体后，机体便会出现免疫应答，从而产生大量抗体。
这些抗体在与抗原进行斗争的过程中，可能攻击正常的肾小球上皮细胞、毛细血管、基底膜等，从而对肾脏的微结构产生损害，导致患者出现血尿、蛋白尿、水肿、高血压等症状。
当然除了上述原因外，肾脏遗传性疾病、高血压、糖尿病、高脂血症、肿瘤等也可能会引起肾小球肾炎，这些是导致肾脏疾病的继发性因素，需要引起高度重视。