华支睾吸虫病的后遗症，与感染人群以及治疗规范程度有关。
如果成年人感染华支睾吸虫病，经规范治疗，无明显严重感染症状，患者可不遗留明显后遗症。如果未成年人群感染华支睾吸虫病，则可以由于营养摄入不足而导致营养不良和生长发育障碍。
如果患者未经规范诊疗或者在治愈后又反复发作，则容易导致肝脏损伤进行性加重，最终可诱发肝硬化、肝癌等严重并发症，对身体影响较大。建议患有华支睾吸虫病患者，在医生指导下，规范进行驱虫以及营养支持治疗。