多发性腔隙性脑梗塞的治疗，需要根据患者的年龄、病情程度和基础疾病，采取适当的治疗。有效控制基础疾病是减少腔隙性脑梗塞发病的关键。
多发性腔隙性脑梗塞一般病灶较小，预后良好，但容易反复发作，所以预防该病的复发是很重要的环节。
其治疗无特异性，主要是针对危险因素，如高血压、糖尿病、高脂血症等疾病进行积极有效的治疗。控制血压、血糖的平稳，降低其复发率，而且同时要做好脑血管病的二级预防。
长期规律的服用抗血小板聚集药物，如阿司匹林以及调脂稳定斑块的药物，如阿托伐他汀。