军团病肺炎潜伏期为2~10天，平均5.5天，临床表现难于和肺炎球菌等引起的肺炎相鉴别，病人病情轻重不一，典型病例前驱症状，有乏力，饥饿和食欲减退，在12~48小时后突起高热，体温持续可高达40度以上，呈稽留热，伴有反复发作的寒颤，全身肌肉酸痛。
病程早期可出现多系统受累症状。一部分有恶心呕吐，少数有腹痛，水样腹泻。起病后2~3天有干咳，有时咳出少量黏痰，偶可带有血丝，很少有脓痰。30~40%有胸痛，常因咳嗽、呼吸而加重。随着肺炎加重，患者出现呼吸困难，严重的发绀，少数可有呼吸衰竭，约20%可有意识朦胧，精神错乱，谵妄，神志不清等，少数患者可有幻觉，个别患者发生休克，约10%可发生急性肾衰竭，严重的出现少尿或无尿。肺部可闻及细湿啰音。继之可出现明显肺实变体征。