先天性巨结肠在没有出现小肠结肠炎、严重腹胀、肠梗阻引起患儿营养不良等并发症时，是可以保守治疗的。保守治疗的方法包括口服润肠通便剂，使用开塞露通便和生理盐水灌肠通便等方式，保持大便通畅，缓解腹胀、便秘等症状。
但是，保守治疗的目的是希望通过保守治疗，可以让患儿身体得到恢复，保证健康状况良好，体重增长满意的情况下为患儿能耐受手术治疗做准备。要想彻底治愈先天性巨结肠，手术治疗后恢复肠道功能才是最终的治疗手段。