病毒性咽颊炎的主要症状，根据疾病的类型不同而有所不同。
首先，急性发病的病毒性咽峡炎，患者的口腔以及咽喉部位通常会在短时间内出现大量的圆形或椭圆形的疱疹，单独存在或者聚集在一起。而且疱疹可能会在短时间内出现溃烂的表现。如果进行医学检查，还可以观察到出现疱疹的扁桃体或咽喉等部位呈现鲜红色。大多数患者还会有明显的咽喉肿痛，以及身体高热等全身性的症状。
其次，慢性的病毒性咽峡炎患者，多数会出现长时间的咽喉及口腔部位的少量疱疹，以及咽喉部位灼烧感等症状。