引起胚胎停育的原因有很多。有可能是因为男性的精子畸形所导致的，比如有些男性可能会因为不良的生活习惯，而导致精子畸形率比较高，所以女性怀孕以后就可能会因为精子畸形而发生胚胎停育或者自然流产的现象。
还有可能是由于女性的染色体异常，所以在怀孕以后胚胎染色体也会出现异常表现。这时候就可能在生长发育的过程中出现胚胎停育现象，并且还容易出现反复的胎停育。
还有些女性可能在怀孕的过程中，受到不良的外界因素的刺激，或者是子宫先天性的畸形等而导致出现胚胎停育。
另外，还有可能是因为胚胎自身的染色体发生突变而出现异常，导致胚胎停育。