阿米巴肠病是由于溶组织阿米巴寄生于结肠内，引起阿米巴痢疾或阿米巴结肠炎。阿米巴的致病是虫体和宿主相互作用，并受多种因素影响的复杂过程。溶组织内阿米巴的侵袭力主要表现在对宿主组织的溶解性破坏作用。
阿米巴肠病潜伏期长短不一，1~2周至数月以上不等。当宿主抵抗力减弱以及肠道内感染等临床上才出现症状。
急性非典型阿米巴肠病，发病比较缓慢，无明显全身症状，可有腹部不适，稀便，有时腹泻。急性典型阿米巴肠病，起病往往缓慢，以腹痛、腹泻开始，大便次数逐渐增多，每天可达10~15次，有不同程度的腹痛与里急后重，大便带血和粘液，大部分是暗红色或紫红色，有腥臭味。急性爆发性阿米巴肠病起病急剧，全身营养状况差，中毒症状明显，高热，寒战，谵妄，腹痛，里急后重明显，大便为脓血便，有恶臭，伴有呕吐，有不同程度的脱水与电解质紊乱，容易并发肠出血或肠穿孔。不及时治疗，可因为毒血症而死亡。
慢性迁延型阿米巴肠病，为急性感染的延续，表现为腹泻与便秘交替出现。