输精管缺如是基因的原因。
如果男性伴有一些先天性的基因缺陷，输精管在发育时就出现异常，导致部分输精管缺失，通常还伴有其他泌尿生殖系统的发育异常，比如泌尿系统畸形，主要包括多囊肾、马蹄肾、肾脏发育不全等。生殖系统的畸形主要包括隐睾、附睾或者是精囊缺失，这些生殖泌尿系统畸形通常会严重影响到患者的泌尿生殖系统，可引起男性不育或者是一些泌尿系统疾病。
如果是单侧的输精管缺如，一般不需要进行特殊治疗。如果是双侧的输精管都出现了缺如，可通过辅助生殖治疗，解决患者的生育要求。