化脓性指头炎一般不会引起肌肉萎缩。
患者如果治疗不及时，因为脓腔充满脓液，导致内部压力非常高，最严重的情况可能会引起剧烈疼痛，并压迫指骨末端的血管，引起指骨的缺血坏死。有时候脓液会直接侵犯指骨，引起化脓性骨髓炎，严重的会进入血液循环，引起脓毒血症、引起全身的感染，出现畏寒、发热、心跳加快、气促等严重的后遗症。而细菌感染产生的毒素以及代谢产物会损伤心脏，导致心肌炎等。
但是一般不会引起肌肉的萎缩，肌肉的萎缩比较常见于手外伤后合并有神经损伤，才会导致废用性萎缩。化脓性指头炎一旦发生，应当尽早治疗，以免产生严重的后遗症。