星形病毒胃肠炎主要与下列疾病鉴别：
1.感染性腹泻，大多因为进食不洁食物，造成胃肠道的感染，可引起呕吐腹泻、发热等症。
2.急性坏死性小肠炎，小儿多见，本病具有腹泻、腹胀、便血、高热及呕吐五大症状。大便初为水样便，继而转暗红色、果酱样或血便，可早期出现休克、甚至昏迷、惊厥。
3.急性细菌性痢疾，夏季发病率高，患儿多有不洁食物史，潜伏期24～72h。起病急，腹痛、呕吐、腹泻，大便多呈黏液脓血便，次数每天数次增多。中毒性菌痢者可出现高热、惊厥、嗜睡或昏迷，甚至休克等症状。病程长短不等。