颈部水囊瘤的原因主要是因为先天发育畸形。通常是在胚胎时期时，因为颈内静脉和锁骨下静脉交叉处发生膨大，从而形成了一个囊腔，也就颈囊。其中有一部分淋巴系统因为颈囊发育而成，在胚胎发育的过程中，有一部分淋巴组织会仍然保持胚胎时期的性质，继续进行发育，最终形成囊状水瘤。
颈部水囊瘤多数情况下都是良性的肿瘤，但如果肿瘤体积比较大，尽量能够及时做手术切除，一般都是可以完整切除，术后预后良好。有一部分肿瘤如果比较大，并发生感染，可能影响预后。