卵巢囊肿好不好治疗需要根据卵巢囊肿的性质来决定，生理性的囊肿不需要治疗，可自行消退。
良性的囊肿根据患者的年龄、生育要求及对侧卵巢情况决定手术范围。年轻、单侧囊肿可行卵巢囊肿剥除术或卵巢切除术，双侧卵巢囊肿应形卵巢囊肿剔除术，绝经后的妇女可行子宫及双侧附件切除术。
如果是卵巢巧克力囊肿，手术后很容易复发，治疗起来比较麻烦，术后还需要继续用药预防复发。如果卵巢囊肿是恶性，早期的患者进行全面的分期手术，晚期的患者应行肿瘤细胞减灭术，术后的生存率比较低。