精囊结石主要与精囊炎以及精囊癌相鉴别：
1.精囊炎。有些精囊结石继发于精囊炎，两者都可以导致男性在射精时疼痛，或者伴随射精困难，也可以导致会阴部疼痛。精囊结石在CT上表现为高密度影像，精囊炎表现为模糊影。
2.精囊癌。精囊癌在临床上很少见，两者均可以导致血精。在精囊癌的早期没有任何症状，但随着疾病的进展血精更加严重，且射精时疼痛更加剧烈。如果精囊癌侵犯其他脏器，可以引起一系列的临床症状，而精囊结石不累及其他器官。