雌二醇和孕酮都是卵巢分泌的激素，是在卵巢不同的生理时期分泌的不同激素。雌激素和孕激素有协同作用，也有拮抗作用。一方面，孕激素在雌激素的作用基础上，会进一步促使女性的生殖器官以及乳房发育，为妊娠做好准备，二者有一定的协同作用。
而另一方面，雌激素和孕激素有拮抗作用。雌激素可以促进子宫内膜增生以及修复，而孕激素则会限制子宫内膜增生，并且使得增生的子宫内膜转化为分泌期的子宫内膜。
其他的拮抗作用，往往表现在子宫收缩、输卵管蠕动、宫颈黏液变化、阴道上皮细胞的角化和脱落，以及水钠储留与排泄等方面。