真菌性角膜溃疡的主要病因是有植物性眼外伤史、戴角膜塑形镜史、长期使用激素等。
因为植物的枝叶或者稻谷上到处有真菌的覆盖，当植物划伤角膜后，真菌会顺势接种在角膜上，引起角膜发病。患者如果戴角膜塑形镜时，未注意个人卫生，甚至用未消毒的自来水冲洗角膜塑形镜，从而导致真菌顺势发展，引起真菌性角膜炎。
长期使用激素，会使体内正常菌群发生改变，使本不致病的真菌变成优势菌种，从而诱发真菌感染。建议外出务工时戴好护目镜。