肺栓塞在一般情况下很少存在后遗症，只有在治疗不及时会存在一些遗留病症。
肺栓塞治疗不及时会出现肺动脉高压和慢性肺源性心脏病，使心功能下降甚至出现心衰。肺栓塞主要表现为突发的呼吸困难，常见于手术后没有进行下床活动的老年患者，当患者出现肺栓塞需要根据血压和心功能的情况，选择是否需要溶栓和抗凝，以及抗凝和溶栓的时间等。
当肺栓塞程度为大面积栓塞时会留下后遗症，如肺梗死和右心衰，大面积肺栓塞的患者会立即出现呼吸困难、胸痛和咯血的症状。处理不及时会在几分钟内失去生命，即使挽救回来了，而后遗症肺梗死和右心衰也会严重影响呼吸功能，导致活动耐量下降，生活质量会受到明显的影响。