绝大部分卵巢囊肿在预后是良好的，因为绝大部分是良性肿瘤。
当然如果是恶性肿瘤，经过化疗或者是放疗，经过手术治疗以后，在临床上存活的时间能够达到5年以上，也是比较多的。但是有一些良性肿瘤在预后也有可能会出现复发的现象，比如在临床上卵巢巧克力囊肿，尽管做了手术，也有可能会复发。主要是因为卵巢巧克力囊肿是由于具有活性的子宫内膜细胞，种植在卵巢局部，所以在每次来月经的时候，异位症的病灶也会出现出血的现象，就会导致囊肿的形成。
虽然做的手术并不一定百分之百把异位症的病灶完全切干净，所以具有复发的可能性。在术后可以继续用药进行治疗，避免造成复发的可能性。