肛门闭锁不会影响生育。肛门闭锁属于消化系统先天畸形的一种问题，如果没有生殖系统的问题，到了青春期以后正常地来例假，月经周期以及月经量都正常，对生育不会有什么影响，可以正常怀孕生子。
肛门闭锁的病因主要是在胚胎时期，尿生殖膈在向泄殖腔移行时受阻。也受一定的遗传因素影响，比如孕妇在怀孕期间受到了病毒感染、接触到有害化学物质、环境污染以及营养缺乏等，都有可能诱发肛门闭锁，所以也有可能将这个问题遗传给下一代。
在宝宝出生后详细检查，发现问题及时处理，一般不会影响生活。