肾脏穿刺活检能够明确病理性质，但是具有一定危害，相对对身体危害不大。
由于危害发生后通过治疗能够恢复，常见的危害是发生血尿，这是肾脏穿刺损伤所致，是不可避免的危害。另一常见危害是发生感染，多见于个体的免疫低下、操作消毒不严格，无菌操作可以降低感染的危害。
还有一种较重的危害是误穿，穿刺时导致其他脏器的损伤。临床穿刺手法不熟练以及对解剖结构不清楚容易导致误穿，但是临床发生概率较低，利用超声引导穿刺可有效避免误穿。