手指甲塌陷的原因较多，可能是外界刺激引起，也有可能是真菌感染导致，也有可能是由于微量元素缺乏而引发。
如果手指甲单纯出现中度的凹陷，但表面是完整的，虽然光泽度丧失，但并没有出现明显的破裂，考虑微量元素缺乏导致的概率较高，可以到医院抽血化验微量元素。
如果局部指甲在塌陷的同时出现了轻度的损毁，真菌化验结果为阳性，则为甲真菌病，是真菌代谢繁殖过程中破坏了指甲的结构而引起。而当指甲部位受到外界暴力挤压等创伤时，也会引发手指甲的塌陷现象，是会逐渐恢复的。