一般临床上不认为鼻咽癌是细菌感染引起，认为鼻咽癌病因可能与环境因素和化学因素、EB病毒感染、遗传因素等有关。鼻咽癌好发于鼻腔与口咽之间的鼻咽部，以顶部最为常见，侧壁、前壁次之，底部最少。
环境因素是诱发鼻咽癌的一种原因，经常吸烟、饮酒、食用腌制、烟熏、油炸和烘烤等食品可增加鼻咽癌发病的危险性。吸烟可产生大量的有害气体及颗粒物，主要为烟焦油、烟碱等，对人体有很强的致癌作用。
常食用腌芥菜和鼻部疾病史是鼻咽癌发病的主要危险因素。新鲜蔬菜摄入少和吸烟与鼻咽癌发病有明显的关联。