3个月没来月经腹痛建议去医院检查，排除怀孕因素。检查激素分析是否激素紊乱导致月经不调，然后对因治疗。
有性生活史者首先需要排除怀孕，尤其是凶险的宫外孕。停经3个月出现腹痛，如果是正常怀孕腹痛考虑时先兆流产或胎停，需要保胎或流产。若是宫外孕腹痛需要急诊手术，避免破裂大出血。
如果不是怀孕，多为内分泌紊乱、激素异常等引起的。需要根据检查性激素的具体情况，应用相应的激素药物。如果子宫内膜检查过厚，建议诊断性刮宫送病理检查，排除子宫内膜病变等。