掏耳朵一般情况下不会引起脑脓肿。但是个别情况下，引起耳膜的破裂可能会引起脑脓肿的发生。
掏耳朵是个非常不好的习惯，一般情况下掏耳朵可能会导致外耳道壁的损伤出血。但是极少数的情况下掏耳朵会导致鼓膜的破裂，此时洗头、洗澡、游泳的时候会发生耳朵里面进水，可能会导致中耳炎以及耳源性脓肿发生。中耳炎、耳源性脓肿可能会侵入邻近的脑组织发生感染，并且形成脑脓肿。
因此，建议尽量不要掏耳朵。如发生外耳道的异物或者分泌物引起不适症状，应该正规的医院五官科就诊治疗。