厌氧菌可以在人体的多种不同的部位进行感染，由于感染部位不同，所导致的症状也不同。
如果感染了厌氧菌，一般会有化脓性的局部病灶。厌氧菌的感染部位如果是阴道，患者会出现白带增多、出血以及阴部瘙痒等症状。如果感染部位是口腔，就会导致牙龈出血、牙龈肿痛，并且还会引发口臭。厌氧菌也可以对脑部进行感染，会导致脑膜炎。如果侵犯了耳朵，还会造成中耳炎。
厌氧菌感染在临床上的治疗较为困难，主要采取抗感染的治疗方法，常用的药物是甲硝唑或者替硝唑，并且可以联合应用头孢类的药物。