利用131碘治疗甲亢导致甲减的概率会比较高，因为131碘治疗甲亢后发生的甲减，可能与患者对射线的个体敏感性差异和自身的免疫功能紊乱有关系，在目前没有任何有效的预防措施。
如果使用较低活度的131碘治疗，仅仅能够降低早发甲减的发生率，而且是以降低一次性治愈率为代价，并不能够阻止晚发甲减。因此使用较高活度的131碘治疗甲亢以提高一次的治愈率。
尽管这可能发生早发甲减的发生率会增高，但是甲减可以通过补充甲状腺激素，就可以获得理想的控制效果。