心脏杂音二级基本上不会自愈。心脏杂音是心脏出现结构异常的时候形成的一种异常的声音，而并不是一种疾病，也就是对于心脏杂音二级不存在是不是可以自愈的情况。
心脏杂音二级就是指可以用听诊器听到，但是声音不太大。心脏杂音二级可以是生理性的，也可以是病理性的。生理性的心脏杂音二级，一般情况下并不会自动消失。如果是某些疾病引起的病理性心脏杂音二级，在这些疾病得到有效治疗之后，心脏杂音二级可能就会消失。
所以在临床上做心脏听诊检查的时候，如果听到心脏杂音二级的时候，应该根据患者的临床特点来判断属于生理性的还是病理性。如果是病理性的，应该针对这些存在的疾病做相应治疗，有可能使杂音消失。