衣原体感染的途径有很多。首先，衣原体可以通过密切接触发生感染，比如患者可以发生衣原体性结膜炎，接触患者眼睛分泌物就可以感染衣原体。
其次，衣原体还可以通过呼吸道发生感染，衣原体可以存在于患者呼吸道的飞沫内，患者可以通过说话、打喷嚏等方式导致衣原体扩散。
衣原体还可以通过性接触方式发生传染，衣原体可以导致男性患者发生泌尿系感染，女性患者既可以发生泌尿系感染，还可以发生生殖系统的感染，女性患者还可以通过肠道传染给胎儿。