念珠状红苔藓主要的诊断鉴别方法是观察皮肤的形态，然后做病理学检查。
这种念珠状红苔藓形成的皮肤损害比较典型，主要以耳垂、手肘、四肢等部位，出现一些呈念珠状排列的丘疹为主。这些丘疹表面呈蜡样光泽，但是表面会覆盖着一层稀薄的皮屑，可能会伴随着强烈的瘙痒。如果搔抓，会出现周围组织破损，然后在破损部位出现类似的症状，形成典型的同型反应。
而做皮肤病理学检测，则可以见到早期的真皮浅层和小血管中有中等程度的渗出性反应，而且看到血管壁的纤维样变性，可以明确诊断。