眼眶真菌病的病因，常见的致病菌有毛霉菌、曲霉菌和隐球菌，还有放线菌、青霉菌等。这种菌当它寄生在正常的组织内时，比鼻窦结膜囊它是不导致病变的。
但是当人体免疫力下降的时候，或者是受到外伤大剂量皮质激素或者是广普抗生素的使用时，寄生的真菌可以导致这种病的发作。对于这种病的治疗可使用干扰细胞膜脂质合成的药，比如氟康唑、伊曲康唑。
还有损害膜脂质结构及功能药物。影响真菌核酸合成和功能性药物。抗真菌的药物对肝肾功能损伤比较大。在使用期应该注意血常规检查及肝肾功能的检测。