调节肠道菌群可以应用肠道益生菌，比如双歧杆菌、三联活菌胶囊、枯草杆菌、二联活菌胶囊或者乳酸杆菌等肠道益生菌。
一般肠道菌群失调可以出现腹泻、便秘等症状。多见于老年人、儿童以及机体免疫力低下的病人。这种情况需要调节肠道菌群，一般建议补充肠道益生菌。
肠道益生菌能够使肠道蠕动增强，维持肠道菌群平衡，从而有效地治疗便秘和腹泻。应用肠道益生菌的同时，还需要饮食的调理，不要挑食、偏食，可以喝常温的酸奶协助补充益生菌，注意腹部保暖，保证睡眠，避免情绪波动。