脐尿管囊肿可能会引起癌变。
如果脐尿管囊肿长期不进行治疗，就会导致感染越来越严重，从而引起恶性肿瘤，还可能会引起囊内出血、腹膜内破裂、肠瘘等并发症，从而严重危害到患者的身体健康。因此在确诊为脐尿管囊肿以后，应尽早地进行治疗。
在早期主要是通过使用抗炎药物以及解热镇痛类的药物治疗，比如青霉素、头孢地尼、对乙酰氨基酚等。对于比较严重的脐尿管囊肿，应通过手术进行治疗，手术的方式也分为多种，比如腹腔镜下微创手术、传统的开腹手术等。