当育龄妇女有继发性痛经、进行性加重、不孕症，或者是慢性盆腔疼痛、性交痛等等，盆腔检查就可以确定是否有子宫内膜异位病灶的存在。
盆腔检查如果发现盆腔内有触痛性的结节，或者子宫旁有不活动的囊性的肿块，要高度怀疑为子宫内膜异位症，确诊要首选腹腔镜检查，也可以通过剖腹探查，获得组织病理诊断确诊，并且确定分期。少数的情况下病理没有发现异位子宫内膜的证据，但是临床表现和数中所见，符合子宫内膜异位症的特征，也可以进行诊断。
首先要通过妇科检查，除双合诊外，特别强调必须进行三合诊检查，盆腔子宫内膜异位症子宫作为后位活动度不加，并且固定，宫骶韧带和后穹隆有触痛结节，是特征性的体征。另外，可以通过阴道和腹部的超声，来检查鉴别卵巢子宫内膜异位囊肿和直肠阴道隔那一症。再有就是通过腹腔镜的检查，是目前诊断子宫内膜异位症的最佳方法。