巧克力囊肿的复发率是很高的。
如果只是囊肿剥除，术后的复发率达到40%以上，所以要预防巧克力囊肿复发，在术后也要进行规范的管理。如果有生育要求，巧克力囊肿术后就可以尽早怀孕，或者在术后进行药物治疗，可以口服避孕药，也可以注射促性腺激素释放激素激动剂，会使月经量减少，或者假绝经疗法，通过抑制子宫内膜的生长，从而起到预防复发的作用。因为巧克力囊肿是有活力的子宫内膜异位到卵巢上而形成的，是子宫内膜异位症的一种，虽然是一种良性的病变，但是有种植、转移、复发的恶性行为。
巧克力囊肿会引起月经紊乱，会导致排卵障碍，不孕，还会引起腹痛，对女性的生殖健康是极其不利的。