球孢子菌病在经过正规治疗之后，可以治疗好。一般不再接触传染源，不会出现复发。但是，如果在停药之后，又与有这种疾病的人发生密切接触，则有可能会反复发作。
需要注意，如果球孢子菌病侵犯到了脑部，引发了球孢子菌性脑膜炎，则有可能需要终身服药，没有办法通过药物在短时间之内彻底治愈。
球孢子菌病的治疗，主要是选择抗真菌类的药物为主，比如两性霉素B、氟康唑等。这些药物摄入体内能够抑制真菌的代谢和繁殖，从而使因真菌感染而导致的症状逐渐消退，经过一段时间的治疗，就可以治愈。